Fue creado a comienzos de siglo XX por el alemán Joseph H. Pilates. Niño débil y enfermizo, sufrió asma, fiebre reumática y raquitismo. Motivado por alcanzar un estado de salud integral, Pilates desarrolló un peculiar sistema de acondicionamiento físico y mental llamado "Contrología" que definió como "La ciencia y el arte del desarrollo coordinado del Cuerpo - Mente - Espíritu a través de movimientos naturales bajo estricto control de la conciencia".

Para desarrollar esta disciplina, Pilates empleó sus conocimientos de Yoga y Artes Marciales pero los llevó más allá, combinando estas habilidades con su conocimiento del ejercicio físico y la anatomía.

Posteriormente esta técnica fue difundida como Método Pilates, en honor a su creador.

En 1926 se instaló junto a su esposa en New York y durante la primera guerra mundial desarrolló su primer aparato adaptando para ello una cama de hospital. Más tarde, en 1940, instaló su primer estudio en New York. Allí se hizo popular en el mundo de la danza de una forma casi secreta (a pesar de que Pilates inició su trabajo para la gente de la calle y como técnica de rehabilitación y de acondicionamiento), llegando a ser este método parte del entrenamiento de bailarines y bailarinas. A demás, muchos bailarines, deportistas de elite y famosos acudían a este sistema para recuperar su forma y su fuerza y también fue pronto adoptado por fisioterapeutas y ortopedistas como un complemento muy beneficioso para la rehabilitación de pacientes.

Tras la muerte de Pilates, dado que no existía ninguna línea de sucesión o testamento, su esposa Clara heredó y perfeccionó el estudio de New York difundiendo desde allí el Método.

Posteriormente, en 1970 Romana Kryzamowska, una antigua alumna y bailarina, se hizo heredera oficial de la técnica y directora del estudio. Simultáneamente, otro discípulo, Ron Fletcher, abrió su centro en Los Angeles. De este modo fueron surgiendo diferentes estudiantes certificados quienes difundieron el Método Pilates por el resto de Estados Unidos y Europa.

No obstante, a pesar de que esta técnica tiene 70 años de historia, ha sido tan sólo hace 8 años cuando ha comenzado a difundirse en algunos países de Europa, Latino América y Oceanía, ya que anteriormente sólo se manejaba en círculos de bailarines y estrellas de espectáculo de Hollywood.

Y, sólo desde hace unos 6 años, ha comenzado a crecer su reconocimiento por parte del público, sobre todo en EEUU y UK.